جایزه‌ دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ دوره‌ دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دکترا در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۳ از پایان‌نامه‌ خود دفاع کرده‌اند، می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ خود را تا پایان مرداد ماه به دبیرخانه‌ این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران این جایزه متشکل از فتح‌الله مجتبایی، ضیاء موحد، حسین معصومی‌همدانی، شهرام پازوکی، محمد دهقانی و علی‌اصغر محمدخانی، پس از داوری پایان‌نامه‌های رسیده، پایان‌نامه‌ برگزیده را معرفی می‌کنند.

در چهار دوره‌ گذشته‌ این جایزه، سمیرا بامشکی، علیرضا اسدی، محمدرضا عدلی، سلمان ساکت، ارسطو میرانی، سیده لیلا سیدقاسم برگزیدگان این جایزه‌ بوده‌اند.

پایان‌نامه‌‌ برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.

پایان‌نامه‌های ارسالی، پس داده نمی‌شود. متقاضیان باید از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش از سال ۹۳ و یا پس از آن دفاع شده‌اند، خودداری کنند. از پایان‌نامه‌ مذکور حتما باید در مقطع دکتری و ۲ رشته مذکور دفاع شده‌ باشد.