همانطور که از شرکت هیولاها می دانیم قرار نیست مایک در این فیلم یک ترساننده باشد. او آنجا به عنوان دستیار سالی کار می کرد. داستان این بار هم دوباره بر محور دوستی بین دو هیولا است. «مایک وازوفسکی» غول سبز رنگ یک چشم که جانبخشی به آن را «بیلی کریستال» بر عهده دارد و «جیمز سالیوان» غول پشمالوی فیروزه ای رنگ که صداپیشه کاراکتر آن «جان گودمن» است. «دن اسکنلون» کارگردان، فیلم را با مقدمه ای کوتاه و شیرین از تصمیم مایک جوان در یکی از سفرهای علمی مدرسه برای پیوستن به شرکت هیولاها شروع می کند. همینجاست که مایک تصمیم می گیرد تا با جاه طلبی تمام به یک ترساننده تبدیل شود.
موجوداتی که به اتاق خواب کودکان می خزند و نیروی جیغ آنها را با ترساندنشان ذخیره می کنند. راه رسیدن به کارخانه هیولاها از دانشگاه می گذرد. مکانی به مدیریت «دین هارداسکربل» نیمه هزارپا-نیمه خفاش با صدای «هلن میرن».
زمان جلو رفته و مایک را در حال تخلیه چمدانش و برنامه ریزی برای شرکت در امتحان نهایی می بینیم. هنگامی که مایک و سالی برای اولین بار یکدیگر را ملاقات می کنند هنوز یار یکدیگر نشده اند. سالی از خانواده ای می آید که چندین نسل حرفه شان همین بوده و او در نام خانوادگی قدرتمندش سیر می کند در حالی که مایک بعد از بیدار شدن هر روزه اش سرش به کتاب است. او بچه درس خوانی است که فاقد استعداد طبیعی برای تبدیل شدن به یک ترساننده است.
در ادامه، کل کلی که بین مایک و سالی صورت می گیرد موجب می شود آنها از دانشگاه اخراج شوند اما راه ورود به شرکت هیولاها هنوز بسته نیست. قرار است مسابقه ای به نام «بازی های ترسناک» در مدرسه برگزار شود، مایک تلاش می کند شانس خود را اینجا امتحان کند. او به جمعی می پیوندد که در ظاهر دست و پا چلفتی ترین و بی خاصیت ترین گروه دانشگاه اند و حالات جز مایک یک نفر را برای کامل شدن گروهشان کم دارند، اینجاست که سرو کله سالی پیدا می شود و دو رقیب کنار یکدیگر قرار می گیرند و مسابقه راهی می شود برای شناخت این دو از یکدیگر و استحکام پیوندهای دوستی شان...
طبق سنت این چند ساله پیکسار نیز این انیمیشن را طوری خلق کرده که علاوه بر کودکان، بزرگسالان هم فیلم را دنبال کنند. قسمت اول این پر بود از ایده های خلاقانه مانند درهایی که به اتاق خواب کودکان باز می شوند این جا هم با بسیاری از ایده هایی از این دست روبرو هستیم. انجمن برادری، پارتی شبانه، کتابخانه، دستگاه شبیه ساز خواب کودک و...
زبان بدن و استفاده درست از کلمات موجودات خلق شده در این انیمیشن را به واقعیت نزدیک کرده اما مشکل دانشگاه هیولاها اینجاست که این باور را ترویج می دهد که مهم نیست شما چقدر تلاش می کنید، بزرگترین آرزوهای شما اغلب برآورده نمی شوند یا مسیر دیگری را طی می کنند و یا اینکه دچار انحراف می شوند. با این حال این فیلم نیز درسهایی درباره تلاش، ناامید نشدن، خودباوری و کار تیمی دارد و هنوز یک فیلم سرگرم کننده است.
