مسجد کبود که عمارت مظفریه نیز خوانده می‌شود به دستور جهانشاه بن شاه یوسف از فرمانروایان قره قویونلو ساخته شده است. ولی ادامه کار بنا به خواست خاتون جان بیگم زوجه جهانشاه و در سال ۸۷۰ ه‍. ق به پایان رسید. مسجد کبود (به ترکی آذربایجانی: Göy Məscid - گوی مچید)، یا مسجد جهانشاه ، از بناهای تاریخی تبریز است. این مسجد بنا به کتیبه سردر آن در سال ۸۷۰ هجری قمری و ۱۴۶۵ میلادی و در زمان سلطان جهانشاه مقتدرترین حکمران سلسله قره‌قویونلو و به دستور دختر او - صالحه خانم - بنا شده‌است.

تنوع و ظرافت کاشی کاری و انواع خطوط به کار رفته در آن و بخصوص به دلیل رنگ لاجوردی کاشی‌کاری‌های معرق آن سبب شده‌است که به «فیروزهٔ اسلام» شهرت یابد. زلزله سال ۱۱۹۳ هجری قمری آسیب فراوان به مسجد زده و در اثر آن گنبدهای مسجد فرو ریخت. تعمیرات و دوباره‌سازی مسجد به منظور حفاظت و بازسازی بخش‌های باقیمانده شامل طاق‌ها و پایه‌ها از سال ۱۳۱۸ آغاز شد و در ۱۳۵۵ کارهای ساختمانی آن به اتمام رسید بازسازی گنبد اصلی توسط مرحوم استاد رضا معماران انجام شد. بازسازی کاشیکاری داخلی و خارجی هنوز ادامه دارد. سبک معماری این بنا به شیوه آذری است. بنای تاریخی مذهبی مسجد کبود از آثار ارزشمند دوره قراقویونلو می باشد که به دستور جهانشاه که شهر تبریز را پایـتخت خود قرار داده بود و به ســــرکــــاری عزالدین قاپوچـی بنا گردیــده و با استنــــاد به کتــیبه برجسته ســـر درب به سال ۸۷۰ ه.ق ساختمان آن به اتمام رسیده است. سلــطنت جهــانشاه از سال ۸۳۹ ه.ق آغـاز و تا ۸۷۲ ه.ق ادامـه داشت که وی به دست اوزون حسن از طایفه آق قویونلو کشته شد و بساط اقتدار حـکومتی وی که از آسیای صغیر تا خلیج فارس و هــرات و ماوراالنهر گــسترده شده بـود برچیده شد.بنای اصـلی در مقام مـسجد مقـــبره، دارای صحـن وســیعی بـوده کــه در آن مجـــموعه ای از ســـاختمان ها از جمــله مدرســه و حمام و خــانقاه و کتابــخانه و... ساخته شده بود که متأسفانه آثاری از آنها به جا نمانده است.

 
محوطه باستانی مسجد کبود واقع در شمال شرق بنای مسجد کبود تبریز است. طول (شرقی- غربی) این محوطه ۲۷۶ متر و عرض (شمالی- جنوبی) آن بطور متوسط ۱۰۲ متر و مساحت آن ۲۸۲۹۰ مترمربع (حدود ۳ هکتار) می باشد. این محوطه طی خاکبرداری های سال ۱۳۷۶ بوسیله شرکتهای طرف قرارداد شهرداری تبریز شکل گرفته و طی همان سال با شناسائی آثار گورستان هزاره اول ق.م و پس از بازدیدها، گمانه زنی ها و کاوش به عنوان یک محوطه باستانی دارای آثار بویژه دوره آهن با شاخص اسکلتهایی مدفون همراه با سفالهای خاکستری و در مواردی نخودی و قرمز و اشیای فلزی شناخته شده است. 

در شهریورماه ۱۳۷۷ طی بازدیدی که توسط آقای نصرت ا... معتمدی کارشناس سازمان میراث فرهنگی کشور، از محوطه بعمل آمد نشانه هایی از آثار هزاره اول ق.م مشاهده گردید و به پژوهشکده باستان شناسی گزارش شد. پس از آن میراث فرهنگی آذربایجان شرقی در فاصله ۸۰ متری شرق بنای مسجد کبود گمانه ای حفر کرده و وجود تدفین متعلق به هزاره اول ق.م آشکارگردید. در اردیبهشت و خرداد ۱۳۷۸ هیاتی به سرپرستی آقای معتمدی برای کاوش در محوطه مسجد کبود به تبریز اعزام شد. طی فصل اول کاوش، تعداد ۳۸ گور، کاوش شد و یکی از گورها که دارای ۲ اسکلت (زن و مرد) به همراه اشیاء تدفینی بود، بلوک برداری شده و به موزه ملی آذربایجان انتقال یافت. پس از اتمام فعالیتهای این هیات، سازمان میراث فرهنگی آذربایجان شرقی اقدام به تهیه نقشه از محوطه و آثار آن نمود و طی اواخر سال ۱۳۷۸ نمایشگاهی از آثار بدست آمده از کاوش یاد شده در موزه آذربایجان برگزارشد.
 

مراحل بعدی کاوش و حفاظت مقدماتی طی سالهای ۱۳۸۲-۱۳۷۹ به سرپرستی آقای دکتر علیرضا هژبری نوبری انجام یافت که بنابر نتایج کاوش، آثاری متعلق به گورستان عصر آهن و آثار پراکنده کف های استقراری احتمالا فصلی و چندین متر لایه های بالایی روی آثار عصر آهن، رسوبات طبیعی و آثار مضطرب دوره اسلامی مشاهده گردید. با توجه به موقعیت استراتژیک محوطه مسجد کبود و واقع شدن آن در میان شهر، همجواری آن با مسجد کبود و نزدیکی به موزه آذربایجان، احداث موزه باز و حفظ آثار در جای خود، امری الزامی می نمود. لذا انجام عملیات ساماندهی و تجهیز محوطه به منظور آماده سازی برای بازدید عموم از تاریخ ۱۷/۱۲/۱۳۸۵ از سوی سازمان میراث فرهنگی تبریز اقدام گردید.
کلیه عملیات در سه فاز به ترتیب زیر انجام گرفت:
الف) فاز اول، عملیات حفظ و مرمت اسکلتها
ب) فاز دوم، ساماندهی موزه اصلی
ج) فاز سوم ساماندهی محوطه بیرونی موزه
مراسم گشایش سایت موزه عصر آهن تبریز در تاریخ ۳۰/۲/۱۳۸۶ با حضور آقای دکتر جعفری معاونت فرهنگی و ارتباطات سازمان میراث فرهنگی کشور انجام شد و هم اکنون این محوطه در معرض بازدید برای عموم می باشد.
سردر اصلی این مسجد که با کاشی‌کاری‌های معرق تزئین شده‌است، کتیبه‌ای دارد به خط رقاع که به سال ۸۷۰ (قمری) نصب شده‌است. این کتیبه و دیگر کتیبه‌های سردر مسجد به خط نعمت‌الله البواب خوشنویس مشهور سده نهم است و سرکاری و نظارت بر ساخت آن با عزالدین بن ملک قاپوچی بوده‌است.

شبستان بزرگ را از سه طرف رواق ها در بر گرفته و بر بالای آن گنبد دو پوشی به قطر تقریبی ۱۷ متر قرارگرفته است. شبستان کوچک که در حکم مکانی خصوصی و مقبره سلطنتی در نظر گرفته شده بود ، در سمت جنوب بنا واقع شده و با قطعات سنگ مرمر ازاره بندی شده بود که آیات قرآنی به خط زیبای ثلث و به صورت برجسته زینت بخش قسمت فوقانی سنگ ها است. کاشیکاری آن صرفا" به رنگ لاجوردی و عمدتا" از قطعات شش ضلعی کار شده بود و تمام سطح سقف آن زرنگار ( نقاشی با آب طلا) و کف شبستان ها به احتمال قوی مرمرین بوده است. نقش و نگار نقاشی معرق مسجد شامل گره بندی های هندسی، گل و بوته اسلیمی و ختایی و کتیبه های مختلف که مجموعا" حکایت از زیبایی خارق العاده ای داشته است. آرامگاه جهانشاه و نزدیکان وی در انتهای شبستان کوچک در داخل سرداب بوده است. زلزله مهیب سال ۱۱۹۳ ه.ق باعث ویرانی شهر تبریز و کشته شدن عده زیادی از مردم آن گشته و از مسجد کبود بجز سر درب و چندین جرز پایه بر جا نمی گذارد و در فاصله بین سالهای پس از زلزله تا شروع مرمت، درب ورودی اصلی و قطعات مرمرین و ... به تاراج میرود.
به گفته کارشناسان در هیچ نقطه‌ای از دنیای اسلام این همه ظرافت و عظمت یک جا و در کنار هم پدید نیامده است.